眼底檢查主要可檢查出兩大類毛病，包括單純的眼睛疾病及全身性疾病。 在眼睛病變中，如青光眼、視神經病變、視網膜剝離、黃斑部病變等，王孟祺解釋，這些眼疾的發生，多會影響視神經與視網膜上的感光細胞，眼底檢查也可檢查出因高度近視影響所產生的週邊視網膜變化。
一般來說，只要懷疑有視網膜、視神經、黃斑部或脈絡膜方面的眼疾時，都最好進行眼底檢查，找出可能的病因。王孟祺提醒，尤其是青光眼患者，更必須每半年進行一次眼底檢查，其餘如有眼疾患者如高度近視、黃斑部病變者，也都要固定追蹤才行。色素性視網膜炎患者，由於會有持續性的病變發生，也需要定期追蹤。
另外，有全身性疾病患者，如三高、自體免疫疾病、長期服用可能影響黃斑部健康的藥物，如結核病治療及部分治療乳癌的化學藥物等，都必須定期追蹤，通常建議每半年一次。